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Após 3 anos consecutivos de vitórias, com conquista de dois Campeonatos Brasileiros e chegada a final da Taça Libertadores da América de 2003, o Santos FC começou o ano de 2005 tentando manter o ritmo.

O maior jogador após a Era Pelé, Robinho, permaneceu no clube durante o primeiro semestre. Mas após a sua saída para o Real Madrid, o Santos FC ficou prejudicado em seu desempenho. Para completar Deivid e Léo também saíram, o que deixou a equipe completamente desfigurada e enfraquecida.

Para restaurar a equipe, o Peixe contratou o craque e ídolo Giovanni, mas que viria apresentar desempenho instável; e dois atacantes repatriados: Luizão, que se mostrou fora de forma; e Cláudio Pitbull, que marcou apenas dois gols.

O ano também foi tumultuado com relação aos técnicos, começando com Oswaldo de Oliveira para a substituição de Vanderlei Luxemburgo, devido a saída do treinador para o Real Madrid. Passaram ainda como treinadores Gallo e Nelsinho Baptista, terminando com Serginho Chulapa, que levou o Santos FC interinamente. Após fraca atuação na Espanha, Luxemburgo retorna em 2006 como treinador da equipe santista, sinalizando grandes investimentos para o ano da Copa do Mundo.

Em 2006, a equipe foi inteiramente renovada. Várias contratações foram feitas com os campeonatos em andamento, o que prejudicou o conjunto da equipe. Mesmo com esse fator desfavorável, Luxemburgo conseguiu manter a equipe em alto nível de competição durante o Campeonato Paulista e, se aproveitando de que seus principais adversários estavam com as atenções divididas devido a participação na Taça Libertadores da América, o Santos FC conquistou o Campeonato Paulista de 2006. Foi o fim de um período de 21 anos sem levar a taça da FPF. O time entraria ainda para a história dos recordes como a única equipe que venceu todas as partidas jogadas em seu estádio (10 partidas no total); e que marcou gols em todas as partidas do campeonato (19 partidas no total, marcando 33 gols). O time histórico que consagrou esse título com vitória de 2 a 0 contra a Portuguesa de Desportos, sob a modalidade de pontos corridos, foi composto por Fábio Costa; Luiz Alberto, Julio Manzur e Ronaldo Guiaro; Kléber, Fabinho, Maldonado, Cléber Santana e Rodrigo Tabata; Reinaldo e Geílson. Já pelo Campeonato Brasileiro, conquista direito à disputa da Taça Libertadores da América de 2003 com o 4ª lugar na competição nacional.

Em 2007, com uma campanha impecável na primeira fase do Campeonato Paulista de 2007, o Santos FC conquista o direito de jogar com vantagem nas fases semifinais e finais do campeonato. Aproveitando-se desta vantagem, o Santos FC elimina o Bragantino nas semifinais ( 0 X 0 no primeiro e segundo jogos) e o São Caetano na finais (derrota por 2 X 0 no primeiro jogo e vitória por 2 X 0 no segundo jogo), conquistando o bicampeonato paulista (2006 e 2007). O time que conquistou o bi, foi a campo com: Fábio Costa, Maldonado, Adailton, Ávalos e Kléber; Rodrigo Souto, Pedrinho, Cléber Santana e Zé Roberto; Marcos Aurélio e Jonas. Entraram ainda Carlinhos, Rodrigo Tabata e Moraes, que fez o gol do título. Já no Campeonato Brasileiro da Série A de 2007, o Santos FC ficou com o vice-campeonato e conquistando um das vagas para a Taça Libertadores da América de 2008.